Základy súčasnej akademickej knižnice boli položené už v roku 1950. Jej história bola úzko spätá s históriou vzniku vojenského školstva v Liptove. Za celé toto obdobie, ktoré úzko súvisí aj so vznikom vysokoškolského štúdia, prešla akademická knižnica mnohými zmenami. Boli to tieto vojenské vzdelávacie zariadenia v Liptovskom Mikuláši a ich postupná profilácia na vojenské vysokoškolské štúdium v Liptove:

• Letecké technické učilište (1950 - 1960),
• Technické učilište (1960 - 1973),
• Vysoká vojenská technická škola (1973 – 1993),
• Vojenská akadémia (1993 - 2004),
• Akadémia ozbrojených síl generála Milana Rastislava Štefánika (september 2004 -)

Rozkazom prezidenta republiky č. 08 zo dňa 28.6.1972 bola zriadená v Liptovskom Mikuláši Vysoká vojenská technická škola (ďalej len VVTŠ), ktorá po náročných prípravách začala svoju vysokoškolskú výučbu od 1. 9. 1973. V organizačnej štruktúre zriadila technickú knižnicu, ktorá sa v roku 1977 rozdelila na dve knižnice:

• študijnú vedeckú knižnicu,
• osvetovú knižnicu.

Rozdelením technickej knižnice sa rozdelil aj knižničný fond.

Dňom 1. 9. 1993, zákonom Národnej rady Slovenskej republiky č. 185/1993 Z. z., bola VVTŠ pretransformovaná na Vojenskú akadémiu a v jej organizačnej štruktúre bola zriadená vedecká knižnica. Skladba študijného fondu sa svojím zložením prispôsobila novej profilácii školy a novým študijným programom. V roku 1995 začala knižnica s automatizáciou knižničných a informačných služieb. Bol zakúpený knižničný automatizovaný systém "LIBRIS", ktorý bol prispôsobovaný na podmienky vojenskej vysokej školy.

V roku 2002 prebehla ďalšia transformácia ozbrojených síl a vojenského vysokého školstva, v rámci ktorého bola v organizačnej štruktúre Vojenskej akadémie - prorektora pre vedeckú činnosť zriadená akademická knižnica.

Zákonom Národnej rady Slovenskej republiky č. 455/2004 Z. z. s účinnosťou od 1. septembra 2004 bola nástupkyňou Vojenskej akadémie zriadená Akadémia ozbrojených síl generála Milana Rastislava Štefánika (ďalej len AOS) a v jej organizačnej štruktúre prorektora pre vedu a zahraničné vzťahy akademická knižnica.

Profil nových študijných programov vysokoškolského vzdelávania vo všetkých stupňoch a potreby pre informačné zabezpečenie ďalšieho kariérneho vzdelávania profesionálnych vojakov Ozbrojených síl Slovenskej republiky sa premietli do budovania knižničného fondu akademickej knižnice.

V roku 2004 - 2005 bola vykonaná veľká rekonštrukcia priestorov akademickej knižnice.

Vstupom do združenia Konzorcia KIS 3G na konci roka 2005 sa zapojila knižnica do spolupráce na projekte automatizácie knižníc SR, výsledkom ktorej bola konverzia záznamov z vtedy už zastaraného a nevyhovujúceho Librisu do nového knižnično-informačného systému VIRTUA. Od roku 2006 do konca marca 2024 akademická knižnica sprístupňovala svoj katalóg cez portál Slovenská knižnica a podieľala sa na tvorbe virtuálneho súborného katalógu. Vo februári 2024 akademická knižnica implementovala nový automatizovaný knižnično-informačný systém Tritius formou webovej služby a servisu pre samostatnú jednotku (SaaS).

Akademická knižnica zabezpečuje evidenciu publikačnej činnosti zamestnancov a doktorandov AOS v lokálnom elektronickom systéme a od roku 2007 súbežne v Centrálnom registri publikačnej činnosti. Od roku 2019 funguje elektronické zasielanie podkladov pre bibliografické spracovanie a online katalóg EPČ s možnosťou vytvárania prehľadu o výstupoch publikačnej činnosti a ohlasoch na výstupy publikačnej činnosti.

Nové trendy ponúkali výzvy pre realizáciu, do ktorých sa akademická knižnica zapájala v rámci personálnych, finančných a materiálnych možností: vytváranie databázy elektronických kníh s trvalým prístupom v ProQuest Ebook Central, Virtuálna digitálna študovňa AOS v spolupráci s CVTI SR, digitalizácia vybraných titulov v projekte EODOPEN, prideľovanie DOI digitálnym publikáciám vydaných AOS, realizácia projektov z programu Akvizícia knižníc a získanie dotácie ako mimorozpočtových finančných prostriedkov z Fondu na podporu umenia na nákup knižničného fondu, implementácia citačného manažéra Citace Pro Plus do online katalógu.

V roku 2023 oslávila akademická knižnica spoločne s Akadémiou ozbrojených síl generála Milana Rastislava Štefánika 50. výročie vojenského vysokého školstva v Liptove. 

Od augusta 2024 ponúkla akademická knižnica svojim čitateľom možnosť vytvorenia Digitálneho preukazu čitateľa.